TECNOLOGIES TRAVERSALS
Grup de genòmica del Càncer

ANA VIVANCOS

ANA VIVANCOS
Investigator principal
Biosketch

En el Grup de Genòmica del Càncer del VHIO, oferim serveis com a laboratori core. A més, ens dediquem a la investigació traslacional, així com al desenvolupament de noves proves genòmiques.

Apliquem tecnologies d’última generació a la genòmica del càncer, així com els nous tests plenament validats que s’utilitzen en el context de la investigació clínica (programa de Pre-screening). El nostre laboratori disposa d’una plataforma d’anàlisi nCounter (Nanostring), dues plataformes PCR (Beaming Sysmex i ddPCR, BIO-RAD) i dos seqüenciadors NextGen: MiSeq i HiSeq2500, d’Illumina.

El programa de Pre-screening del VHIO està estructurat al voltant de l’activitat de dos grups del centre: el Grup de Genòmica del Càncer i Oncologia Molecular, liderat per Paolo Nuciforo en col·laboració amb la Dra. Elena Garralda (IP del nostre Grup de Desenvolupament Precoç de Fàrmacs Clínics), i el Grup d’Oncologia Computacional (ODysSey) liderat pel Dr. Rodrigo Dienstmann, sumat a l’activitat d’altres centres per a la caracterització molecular dels tumors de més de 1.500 possibles candidats a ser inclosos en algun dels assaigs clínics liderats per la Unitat d’Investigació de Teràpia Molecular del Càncer (UITM) – “la Caixa”, dirigit per la Dra. Elena Garralda.

La idoneïtat dels pacients per a la seva inclusió en un assaig clínic es determina en funció del seu perfil genòmic o patològic. El nostre grup ha desenvolupat i implementat diversos tests per al nostre programa de Pre-screening. Dos d’aquests tests estan basats en la seqüenciació genètica d’última generació (NGS, per les sigles en anglès), una estratègia de seqüenciació mitjançant PCR-multiplex en la qual se seqüencien 67 gens, així com un panell de captura de 450 gens (Illumina). Actualment s’està validant aquest panell.

En altres dues proves s’empra la plataforma nCounter (Nanostring). El panell de fusió gènica, amb capacitat per a detectar més de 100 fusions gèniques recurrents, ens està permetent analitzar patrons d’expressió gènica en els tumors. Les alteracions en el nombre de còpies s’analitzen emprant un panell de 59 gens que solen presentar pèrdues o guanys en el càncer.

Com a prova del nostre compromís amb l’excel·lència i la qualitat dels nostres serveis, el nostre mètode de seqüenciació d’amplicons ha obtingut l’acreditació flexible ISO 15189.

La nostra activitat investigadora se centra en el desenvolupament de noves eines multiplexades que estan optimitzades per analitzar àcids nucleics inclosos en parafina i fixats amb formalina. Un cop desenvolupades, aquestes són validades i utilitzades en investigació clínica i traslacional.

Participem en multitud de projectes d’investigació traslacional, entre els quals s’inclou la identificació de mecanismes de resistència a teràpies dirigides, així com de biomarcadors predictius per a la immunoteràpia. El nostre grup ha centrat els seus esforços principalment en la biòpsia líquida, l’ADN tumoral circulant i les plaquetes educades pel tumor.

OBJECTIUS ESTRATÈGICS

  • Desenvolupar i implementar estratègies millorades per a la realització sistemàtica d’un pre-screening molecular, en un context d’excel·lència (acreditació flexible ISO 15189).
  • Aplicar a la genòmica del càncer i de forma innovadora les noves tecnologies i protocols.
  • Prioritzar els projectes traslacionals, així com les col·laboracions, que reforcen la coneguda excel·lència del VHIO en el camp de l’Oncologia, com ara els projectes en curs del Grup de Tumors Toràcics liderat per la Dra. Enriqueta Felip i el Grup de Tumors Gastrointestinals i Endocrins, dirigit pel Dr. Josep Tabernero.

PUNTS DESTACATS

  • El VHIO és un dels sis socis fundadors del consorci Cancer Core Europe, juntament amb les institucions Gustave Roussy Cancer Campus Grand Paris (Villejuif, França), Cambridge Cancer Centre (Cambridge, Regne Unit), Karolinska Institute (Estocolm, Suècia), Netherlands Cancer Institute – NKI (Amsterdam, Països Baixos), Institut d’Oncologia Vall d’Hebron – VHIO (Barcelona, ​​Espanya) i National Center for Tumor Diseases – DKFZ-NCT (Heidelberg, Alemanya), amb la recent incorporació del National Cancer Institute of Milan (INT). El nostre grup colidera el Grup de Treball de Genòmica del consorci i és el responsable d’homogeneïtzar les proves genòmiques realitzades en les institucions pertanyents a aquest.
  • Actualment estem validant nostre panell de captura de 450 gens per emprar-lo en el nostre Programa de Pre-screening i perquè sigui utilitzat per tots els socis de Cancer Core Europe.
  • En el camp de la biòpsia líquida, estem desenvolupant un test de NGS basat en identificadors moleculars únics (UMI, per les sigles en anglès) i preveiem que aquest serà el primer test de rastreig de malaltia en un entorn clínic.
  • VHIO és un dels escassos centres europeus a aplicar un programa de pre-screening molecular tan complet. La caracterització molecular en uns 1.500 possibles candidats a ser inclosos en els assajos clínics de la nostra Unitat d’Investigació de Teràpia Molecular del Càncer (UITM) – “la Caixa” ha permès als nostres equips trobar l’estudi més adequat per a cada pacient.

PERSPECTIVES

  • Biòpsia líquida: seguir desenvolupant i ampliant les nostres capacitats de caracterització d’ADN tumoral circulant.
  • Ara que comptem amb els identificadors moleculars únics (UMI), aplicarem aquesta estratègia per a la monitorització dels nostres pacients.
  • La biòpsia líquida per a la determinació de la càrrega de mutacions tumorals en immunoteràpia.

PROJECTES

  • Plataforma de medicina de precisión basada en el desarrollo y uso asistencial de aplicaciones y tecnología de Next-Next generation sequencing NNGS. Roche PI: Ana Vivancos 2016-2018
  • New technologies for new treatments: liquid biopsy meets immunotheraphy MERCK-GOI PI: Ana Vivancos 2016-2019
  • Inhibidores de la ruta WNT/BETA-catenin como prometedora terapia para el tratamiento del cáncer de pulmón. Instituto de Salud Carlos III PI: Ana Vivancos 2015-2018
  • Moving liquid biopsy beyond current applications: study of prognostic and predictive values of circulating. Spanish Association against Cancer (AECC) PI: Ana Vivancos 2018 – 2021

COMPONENTS

Cancer Genomics Group
  • Investigador Principal
    • Ana Vivancos
  • Becaris Postdoctorals
    • Ginevra Caratú
    • Alberto Gonzalez
    • Deborah G. Lo Giacco
    • Miriam Sanso
  • Tècnics Especialitzats
    • Agatha Martin
    • Judit Matito
    • Zighereda Ogbah
    • Laia Ramos
  • Bioinformàtic
    • Francesco Mancuso
  • Aux. Tec. Bioinformàtic
    • Marina Gomez

Publicacions científiques més rellevants

  • Vivancos A, Élez E, Salazar R. Circulating cell-free DNA as predictor of treatment failure after neoadjuvant chemoradiotherapy before surgery in patients with locally advanced rectal cancer: is it ready for primetime? Ann Oncol.29: 532-534.
  • Capdevila J,Mayor R; Mancuso FF, Iglesias C; Caratù G, Matos I, Zafón C, Hernando J, Petit A, Nuciforo P, Cameselle-Teijeiro JM, Álvarez C, Recio JA, Tabernero J, Matias-Guiu X, Vivancos A, Seoane J. Early evolutionary divergence between papillary and anaplastic thyroid cancers. Ann Oncol.29: 1454-1460.
  • Cedrés S, Felip E, Cruz C, Martinez de Castro A, Pardo N, Navarro A, Martinez-Marti A, Remon J, Zeron-Medina J, Balmaña J, Llop-Guevara A, Miquel JM, Sansano I, Nuciforo P,Mancuso F, Serra V, Vivancos A. Activity of HSP90 Inhibiton in a Metastatic Lung Cancer Patient With a Germline BRCA1 Mutation. J Natl Cancer Inst.110: 914-917.
  • Puig I, Tenbaum SP, Chicote I, Arqués O,Martínez-Quintanilla J, Cuesta-Borrás E, Ramírez L, Gonzalo P, Soto A, Aguilar S, Eguizabal C, Caratù G, Prat A, Argilés G, Landolfi S, Casanovas O, Serra V, Villanueva A, Arroyo AG, Terracciano L, Nuciforo P,Seoane J,Recio JA, Vivancos A,Dienstmann R,Tabernero J,Palmer HG.TET2 controls chemoresistant slow-cycling cancer cell survival and tumor recurrence. J Clin Invest.128: 3887-3905.
  • Cruz C, Castroviejo-Bermejo M, Gutiérrez-Enríquez S,Llop-Guevara A, Ibrahim YH, Gris-Oliver A, Bonache S, Morancho B, Bruna A, Rueda OM, Lai Z, Polanska UM, Jones GN; Kristel P, de Bustos L, Guzman M,Rodriguez O, Grueso J, Montalban G, Caratú G,Mancuso F, Fasani R, Jiménez J, Howat WJ, Dougherty B, Vivancos A, Nuciforo P, Serres-Créixams X, Rubio IT, Oaknin A, Cadogan E, Barrett JC, Caldas C, Baselga J, Saura C, Cortés J, Arribas J, Jonkers J, Díez O; O’Connor MJ, Balmaña J,Serra V. RAD51 foci as a functional biomarker of homologous recombination repair and PARP inhibitor resistance in germline BRCA-mutated breast cancer. Ann Oncol.29: 1203-1210. IF: 13,926
  • Martínez-Ricarte F, Mayor R, Martínez-Sáez E, Rubio-Pérez C, Pineda E, Cordero E, Cicuéndez M, Poca MA, Lopez-Bigas N, Ramón Y Cajal S, Vieito M, Carles J, Tabernero J,Vivancos A, Gallego S, Graus F, Sahuquillo J, Seoane J. Molecular Diagnosis of Diffuse Gliomas through Sequencing of Cell-Free Circulating Tumor DNA from Cerebrospinal Fluid.Clin Cancer Res.24: 2812-2819.

Totes les publicacions

  • Vivancos A, Élez E, Salazar R. Circulating cell-free DNA as predictor of treatment failure after neoadjuvant chemoradiotherapy before surgery in patients with locally advanced rectal cancer: is it ready for primetime? Ann Oncol.29: 532-534.
  • Capdevila J, Mayor R; Mancuso FF, Iglesias C; Caratù G, Matos I, Zafón C, Hernando J, Petit A, Nuciforo P, Cameselle-Teijeiro JM, Álvarez C, Recio JA, Tabernero J, Matias-Guiu X, Vivancos A, Seoane J. Early evolutionary divergence between papillary and anaplastic thyroid cancers. Ann Oncol.29: 1454-1460.
  • Cedrés S, Felip E, Cruz C, Martinez de Castro A, Pardo N, Navarro A, Martinez-Marti A, Remon J, Zeron-Medina J, Balmaña J, Llop-Guevara A, Miquel JM, Sansano I, Nuciforo P, Mancuso F, Serra V, Vivancos A. Activity of HSP90 Inhibiton in a Metastatic Lung Cancer Patient With a Germline BRCA1 Mutation. J Natl Cancer Inst. 110: 914-917.
  • Puig I, Tenbaum SP, Chicote I, Arqués O, Martínez-Quintanilla J, Cuesta-Borrás E, Ramírez L, Gonzalo P, Soto A, Aguilar S, Eguizabal C, Caratù G, Prat A, Argilés G, Landolfi S, Casanovas O, Serra V, Villanueva A, Arroyo AG, Terracciano L, Nuciforo P, Seoane J, Recio JA, Vivancos A, Dienstmann R, Tabernero J, Palmer HG. TET2 controls chemoresistant slow-cycling cancer cell survival and tumor recurrence. J Clin Invest. 128: 3887-3905.
  • Cruz C, Castroviejo-Bermejo M, Gutiérrez-Enríquez S, Llop-Guevara A, Ibrahim YH, Gris-Oliver A, Bonache S, Morancho B, Bruna A, Rueda OM, Lai Z, Polanska UM, Jones GN; Kristel P, de Bustos L, Guzman M, Rodriguez O, Grueso J, Montalban G, Caratú G, Mancuso F, Fasani R, Jiménez J, Howat WJ, Dougherty B, Vivancos A, Nuciforo P, Serres-Créixams X, Rubio IT, Oaknin A, Cadogan E, Barrett JC, Caldas C, Baselga J, Saura C, Cortés J, Arribas J, Jonkers J, Díez O; O’Connor MJ, Balmaña J, Serra V. RAD51 foci as a functional biomarker of homologous recombination repair and PARP inhibitor resistance in germline BRCA-mutated breast cancer. Ann Oncol. 29: 1203-1210.
  • Martínez-Ricarte F, Mayor R, Martínez-Sáez E, Rubio-Pérez C, Pineda E, Cordero E, Cicuéndez M, Poca MA, Lopez-Bigas N, Ramón Y Cajal S, Vieito M, Carles J, Tabernero J, Vivancos A, Gallego S, Graus F, Sahuquillo J, Seoane J. Molecular Diagnosis of Diffuse Gliomas through Sequencing of Cell-Free Circulating Tumor DNA from Cerebrospinal Fluid. Clin Cancer Res. 24: 2812-2819.
  • Martinez-Marti A, Felip E, Matito J, Mereu E, Navarro A, Cedrés S, Pardo N, Martinez de Castro A, Remon J, Miquel J M, Guillaumet-Adkins A, Nadal E, Rodriguez-Esteban G, Arqués O, Fasani R, Nuciforo P, Heyn H, Villanueva A, Palmer H G, Vivancos A. Dual MET and ERBB inhibition overcomes intratumor plasticity in osimertinib-resistant-advanced non-small-cell lung cancer (NSCLC). Ann Oncol. 2017 Oct 1;28(10):2451-2457.
  • García-Foncillas J, Alba E, Aranda E, Díaz-Rubio E, López-López R, Tabernero J, Vivancos A. Incorporating BEAMing technology as a liquid biopsy into clinical practice for the management of colorectal cancer patients: an expert taskforce review. Ann Oncol. 2017 Dec 1;28(12):2943-2949.
  • Dienstmann R, Elez E, Argiles G, Matos I, Sanz-Garcia E, Ortiz C, Macarulla T, Capdevila J, Alsina M, Sauri T, Verdaguer H, Vilaro M, Ruiz-Pace F, Viaplana C, Garcia A, Landolfi S, Palmer HG, Nuciforo P, Rodon J, Vivancos A, Tabernero J. Analysis of mutant allele fractions in driver genes in colorectal cancer – biological and clinical insights. Mol Oncol. 2017 Sep;11(9):1263-1272.
  • Grasselli J, Elez E, Caratù G, Matito J, Santos C, Macarulla T, Vidal J, Garcia M, Viéitez JM, Paéz D, Falcó E, Lopez Lopez C, Aranda E, Jones F, Sikri V, Nuciforo P, Fasani R, Tabernero J, Montagut C, Azuara D, Dienstmann R, Salazar R, Vivancos A. Concordance of blood- and tumor-based detection of RAS mutations to guide anti-EGFR therapy in metastatic colorectal cancer. Ann Oncol. 2017 Jun 1;28(6):1294-1301.
  • Pérez-Alea M, Vivancos A, Caratú G, Matito J, Ferrer B, Hernandez-Losa J, Cortés J, Muñoz E, Garcia-Patos V, Recio JA. Genetic profile of GNAQ-mutated blue melanocytic neoplasms reveals mutations in genes linked to genomic instability and the PI3K pathway. Oncotarget. 2016 May 10;7(19):28086-95. doi: 10.18632/oncotarget.8578.
  • Arqués O, Chicote I, Puig I, Tenbaum SP, Argilés G, Dienstmann R, Fernández N, Caratù G, Matito J, Silberschmidt D, Rodon J, Landolfi S, Prat A, Espín E, Charco R, Nuciforo P, Vivancos A, Shao W, Tabernero J, Palmer HG. Tankyrase Inhibition Blocks Wnt/β-Catenin Pathway and Reverts Resistance to PI3K and AKT Inhibitors in the Treatment of Colorectal Cancer. Clin Cancer Res. 2016 Feb 1;22(3):644-56. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-14-3081.
  • Ibarrola-Villava M, Fleitas T, Llorca-Cardeñosa MJ, Mongort C, Alonso E, Navarro S, Burgues O, Vivancos A, Cejalvo JM, Perez-Fidalgo JA, Roselló S, Ribas G, Cervantes A. Determination of somatic oncogenic mutations linked to target-based therapies using MassARRAY technology. Oncotarget. 2016 Apr 19;7(16):22543-55. doi: 10.18632/oncotarget.8002.
  • Alves-Rodrigues I, Ferreira PG, Moldón A, Vivancos AP, Hidalgo E, Guigó R, Ayté J. Spatiotemporal Control of Forkhead Binding to DNA Regulates the Meiotic Gene Expression Program. Cell Rep. 2016 Feb 2;14(4):885-95. doi: 10.1016/j.celrep.2015.12.074.
  • Vivancos A, Caratú G, Matito J, Muñoz E, Ferrer B, Hernández-Losa J, Bodet D, Pérez-Alea M, Cortés J, Garcia-Patos V, Recio JA. Genetic evolution of nevus of Ota reveals clonal heterogeneity acquiring BAP1 and TP53 mutations. Pigment Cell Melanoma Res. 2016 Mar;29(2):247-53. doi: 10.1111/pcmr.12452.
  • Yus E, Güell M, Vivancos AP, Chen WH, Lluch-Senar M, Delgado J, Gavin AC, Bork P, Serrano L. Transcription start site associated RNAs in bacteria. Mol. Syst. Biol. 2012; 8: 585
  • Esteve-Codina A, Kofler R, Himmelbauer H, Ferretti L, Vivancos AP, Groenen MA, Folch JM, Rodríguez MC, Pérez-Enciso M. Partial short-read sequencing of a highly inbred Iberian pig and genomics inference thereof. Heredity (Edinb) 2011 Sep; 107(3): 256-64
  • Zuin A, Carmona M, Morales-Ivorra I, Gabrielli N, Vivancos AP, Ayté J, Hidalgo E. Lifespan extension by calorie restriction relies on the Sty1 MAP kinase stress pathway. EMBO J. 2010 Mar; 29(5): 981-91
  • Vivancos AP, Castillo EA, Biteau B, Nicot C, Ayté J, Toledano MB, Hidalgo E. A cysteine-sulfinic acid in peroxiredoxin regulates H2O2-sensing by the antioxidant Pap1 pathway. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005 Jun; 102(25): 8875-80
  • Vivancos AP, Castillo EA, Jones N, Ayté J, Hidalgo E. Activation of the redox sensor Pap1 by hydrogen peroxide requires modulation of the intracellular oxidant concentration. Mol. Microbiol. 2004 Jun; 52(5): 1427-35
  • Castillo EA, Vivancos AP, Jones N, Ayté J, Hidalgo E. Schizosaccharomyces pombe cells lacking the Ran-binding protein Hba1 show a multidrug resistance phenotype due to constitutive nuclear accumulation of Pap1. J. Biol. Chem. 2003 Oct; 278(42): 40565-72