fbpx

L’intercanvi multicèntric de dades i l’anàlisi multidisciplinària millora la classificació clínica de les variants genètiques que predisposen al càncer

  • Així es desprèn dels resultats d’un estudi liderat per l’Institut de Recerca Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL) i l’Institut Català d’Oncologia (ICO), en què ha participat el Vall d’Hebron Institut d’Oncologia (VHIO) i que acaben de ser publicats a la revista Clinical Chemistry
  • L’article detalla una guia per estandarditzar i millorar la classificació de variants en el gen ATM, que pot ajudar a fer una diagnosi precoç i un tractament personalitzat del càncer en els pacients que en són portadors

Barcelona, ​​16 de desembre de 2020.- Compartir informació entre laboratoris, així com optimitzar els criteris de classificació dins d’un entorn multidisciplinari per millorar la classificació clínica de les variants genètiques, repercutirà en el maneig mèdic dels pacients portadors i dels seus familiars. Aquesta és la principal conclusió d’un estudi, els resultats del qual s’acaben de publicar a la revista Clinical Chemistry, en què ha participat el Grup de Genètica del Càncer Hereditari, del qual és responsable la Dra. Judith Balmaña, del Vall d’Hebron Institut d’Oncologia (VHIO), i que han servit per a la realització d’una guia per estandarditzar i millorar la classificació de variants en el gen ATM, que augmenta el risc de càncer de mama o de pròstata.

«Hem de tenir en compte que prop d’un 10% dels pacients amb càncer presenten una variant genètica germinal en totes les seves cèl·lules que els predisposa a desenvolupar tumors de manera més primerenca. D’aquí ve la importància d’identificar aquests pacients, ja que d’aquesta manera podem no només oferir-los una valoració personalitzada del seu risc de càncer sinó també establir mesures de seguiment, prevenció i tractament que s’ajustin a la seva condició genètica, avançant d’aquesta manera en la medicina de precisió», destaca Alejandro Moles-Fernández, estudiant de doctorat del Grup de Genètica del Càncer Hereditari del VHIO, un dels segons autors de l’article en el qual també han participat Dr. Orland Díez i la Dra. Sara Gutiérrez-Enríquez, investigadors sèniors del mateix grup. «La identificació d’una variant patogènica germinal en un pacient no només ens ajuda a manejar millor la seva malaltia, sinó que a més permet realitzar estudis predictius en els seus familiars», afegeix la Dra. Sara Gutiérrez-Enríquez.

El repte de les variants de significat desconegut
El diagnòstic genètic actualment es realitza analitzant panells de gens mitjançant tècniques de seqüenciació massiva. Aquesta aproximació comporta un augment en la taxa de detecció de variants patogèniques, però també un augment en el nombre de variants de significat desconegut. La interpretació clínica correcta de les dades genòmiques requereix conèixer detalladament les característiques estructurals i funcionals de cadascun dels gens estudiats, així com les manifestacions clíniques associades a la presència de defectes genètics.

S’ha descrit que variants patogèniques en el gen ATM augmenten el risc de càncer, particularment de càncer de mama, i per aquesta raó aquest gen està inclòs en la majoria de panells de càncer hereditari. ATM és un gen gran, amb un nombre elevat de variants identificades, i moltes de significat desconegut que representen un gran problema clínic.

Amb la finalitat de millorar la classificació de variants en el context del càncer hereditari en el nostre entorn, es va iniciar un esforç col·laboratiu, liderat per l’Institut de Recerca Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL) i l’Institut Català d’Oncologia (ICO), en el qual ha participat el VHIO, per estandarditzar i millorar la classificació de variants en el gen ATM.

Sis laboratoris independents van recollir informació de 766 individus portadors de 283 variants diferents en el gen ATM. Després de recollir i organitzar la informació de les variants es van realitzar teleconferències periòdiques per a la revisió dels criteris internacionals de classificació de variants genètiques, ajustant-los de manera específica per al gen ATM. Un cop consensuats, aquests criteris es van utilitzar en una prova pilot de 50 variants representatives. Amb la nova classificació es va aconseguir una reducció del nombre de variants amb significat desconegut del 58% al 42%.

Treball col·laboratiu
En la realització d’aquest estudi hi han participat un total de sis laboratoris espanyols, en els quals s’han obtingut les dades genètiques utilitzades:

  • Laboratori Diagnòstic Molecular ICO-IDIBELL, l’Hospitalet de Llobregat, Barcelona
  • Grup de Genètic del Càncer Hereditari (VHIO)-Laboratori de Genètica Molecular-Hospital Vall d’Hebron, Barcelona
  • Fundación Pública Galega Medicina Xenómica (FPGMX), SERGAS i Institut d’Investigació Sanitària (IDIS), Santiago de Compostel·la
  • Laboratori d’Oncologia Molecular, Hospital Clínic San Carlos, Madrid
  • Laboratori de Genètica Humana, CNIO, Madrid
  • Laboratori de Càncer Hereditari, Hospital 12 d’Octubre, Madrid

A més, també s’han incorporat a aquest estudi experts en predicció bionformàtica del grup de Javier de la Cruz, del Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), així com experts en el coneixement de les bases genètiques, clíniques i moleculars del gen ATM, del grup d’Ignacio Molina, de la Universitat de Granada.

Aquest estudi ha comptat amb el suport de diversos projectes d’investigació de l’Institut de Salut Carles III, i diversos investigadors que hi han participat són membres de CIBERONC i CIBERER.

Referència:

Lidia Feliubadaló, Alejandro Moles-Fernández, Marta Santamariña-Pena, Alysson T Sánchez, Anael López-Novo, Luz-Marina Porras, Ana Blanco, Gabriel Capellá, Miguel de la Hoya, Ignacio J Molina, Ana Osorio, Marta Pineda, Daniel Rueda, Xavier de la Cruz, Orland Diez, Clara Ruiz-Ponte, Sara Gutiérrez-Enríquez, Ana Vega, Conxi Lázaro, A Collaborative Effort to Define Classification Criteria for ATM Variants in Hereditary Cancer Patients, Clinical Chemistry, 2020, https://doi.org/10.1093/clinchem/hvaa250

16/12/2020|