CFAH GRUP DE GENÒMICA DEL CÀNCER – VHIO – Vall d'Hebron Institute of Oncology

GRUP DE GENÒMICA DEL CÀNCER

TECNOLOGIES TRAVERSALS
Grup de genòmica del Càncer

ANA VIVANCOS
Investigator principal
Biosketch

En el Grup de Genòmica del Càncer del VHIO, oferim serveis com a laboratori core. A més, ens dediquem a la investigació traslacional, així com al desenvolupament de noves proves genòmiques.

Apliquem tecnologies d’última generació a la genòmica del càncer, així com els nous tests plenament validats que s’utilitzen en el context de la investigació clínica (programa de Pre-screening). El nostre laboratori disposa d’una plataforma d’anàlisi nCounter (Nanostring), dues plataformes PCR (Beaming Sysmex i ddPCR, BIO-RAD) i dos seqüenciadors NextGen: MiSeq i HiSeq2500, d’Illumina.

El programa de Pre-screening del VHIO està estructurat al voltant de l’activitat de dos grups del centre: el Grup de Genòmica del Càncer i Oncologia Molecular, liderat per Paolo Nuciforo en col·laboració amb la Dra. Elena Garralda (IP del nostre Grup de Desenvolupament Precoç de Fàrmacs Clínics), i el Grup d’Oncologia Computacional (ODysSey) liderat pel Dr. Rodrigo Dienstmann, sumat a l’activitat d’altres centres per a la caracterització molecular dels tumors de més de 1.500 possibles candidats a ser inclosos en algun dels assaigs clínics liderats per la Unitat d’Investigació de Teràpia Molecular del Càncer (UITM) – “la Caixa”, dirigit per la Dra. Elena Garralda.

La idoneïtat dels pacients per a la seva inclusió en un assaig clínic es determina en funció del seu perfil genòmic o patològic. El nostre grup ha desenvolupat i implementat diversos tests per al nostre programa de Pre-screening. Dos d’aquests tests estan basats en la seqüenciació genètica d’última generació (NGS, per les sigles en anglès), una estratègia de seqüenciació mitjançant PCR-multiplex en la qual se seqüencien 67 gens, així com un panell de captura de 450 gens (Illumina). Actualment s’està validant aquest panell.

En altres dues proves s’empra la plataforma nCounter (Nanostring). El panell de fusió gènica, amb capacitat per a detectar més de 100 fusions gèniques recurrents, ens està permetent analitzar patrons d’expressió gènica en els tumors. Les alteracions en el nombre de còpies s’analitzen emprant un panell de 59 gens que solen presentar pèrdues o guanys en el càncer.

Com a prova del nostre compromís amb l’excel·lència i la qualitat dels nostres serveis, el nostre mètode de seqüenciació d’amplicons ha obtingut l’acreditació flexible ISO 15189.

La nostra activitat investigadora se centra en el desenvolupament de noves eines multiplexades que estan optimitzades per analitzar àcids nucleics inclosos en parafina i fixats amb formalina. Un cop desenvolupades, aquestes són validades i utilitzades en investigació clínica i traslacional.

Participem en multitud de projectes d’investigació traslacional, entre els quals s’inclou la identificació de mecanismes de resistència a teràpies dirigides, així com de biomarcadors predictius per a la immunoteràpia. El nostre grup ha centrat els seus esforços principalment en la biòpsia líquida, l’ADN tumoral circulant i les plaquetes educades pel tumor.

OBJECTIUS ESTRATÈGICS

  • Desenvolupar i implementar estratègies millorades per a la preselecció de pacients rutinària amb un gran panell panoncològic en un entorn d’excel·lència (acreditació flexible ISO 15189).
  • Subministrar aplicacions d’avantguarda en genòmica de el càncer mitjançant l’ús de tecnologies noves i el desenvolupament de protocols.
  • Prioritzar projectes i associacions traslacionals que reforcin la reconeguda excel·lència del VHIO en oncologia.

ASPECTES DESTACATS

  • El VHIO és un dels sis socis fundadors de el Consorci Càncer Core Europe (CCE), juntament amb el Gustave Roussy Cancer Campus Grand Paris (Villejuif, França), Cambridge Cancer Centre (Cambridge, Regne Unit), Karolinska Institute (Estocolm, Suècia ), Netherlands Cancer Institute – NKI (Amsterdam, Països Baixos), National Center for Tumor Diseases – DKFZ-NCT (Heidelberg, Alemanya), als quals s’ha unit recentment l’Institut Nacional de Tumors (INT) de Milà. El nostre grup ha estat nomenat colíder de el Grup de Treball de Genòmica de el Consorci i és responsable de la coordinació de les proves genòmiques entre totes les institucions membre.
  • Hem validat el nostre panell de captura de 450 gens per utilitzar la càrrega mutacional tumoral i les alteracions del nombre de còpies en el nostre programa de preselecció.
  • A la biòpsia líquida, estem desenvolupant una anàlisi d’alteració del nombre de còpies mitjançant l’ús de seqüenciació del genoma complet superficial per proporcionar dades, juntament amb la nostra prova NGS personalitzada amb bioquímica d’identificadors moleculars únics (UMI), i preveiem que aquesta serà la nostra primera prova de seguiment de malalties en el marc clínic.
  • Impulsat pel nostre Programa de Diagnòstic Molecular Avançat (DIAMAV), que compta amb el suport de la Fundació FERO, el VHIO és un dels pocs centres europeus que du a terme un programa de preselecció tan complet. La realització de perfils moleculars de prop de 1100 pacients a l’any com a candidats per a la seva inscripció en els assajos clínics inicials de la nostra Unitat de Recerca en Teràpia Molecular de el Càncer (UITM) – Fundació “la Caixa”, permet als nostres equips aparellar amb més precisió un nombre creixent de pacients individuals amb un estudi concret.

PROJECTES

  • Avanzando hacia la implementación clínica: Estudio de las bases moleculares de la liberación de DNA tumoral en sangre. FIS-ISCIII.  (PI20/01112).
    PI: Ana Vivancos.
    01/01/2021 – 31/12/2023.
  • Validation of BRCA1/2 mutation detection in Tissue and Germline. AstraZéneca.
    PI: Ana Vivancos.
    02/05/2020 – 31/12/2020.
  • ctDNA in breast milk for early detection of pregnancy associated breast cancer. FERO.
    PI: Ana Vivancos.
    01/07/2020 – 30/06/2022.
  • Tumores primarios múltiples en pacientes con cáncer de pulmón: elaboración de un perfil molecular integral para elucidar orígenes genéticos comunes.
    Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer (AECC).
    PI: Ana Vivancos.
    01/12/2019 – 30/11/2023.
  • Phase II Study of Avelumab plus chemotherapy in the peri-operative treatment for patients with resectable Gastric cancer (GC) or Gastroesophageal Junction cancer (GECJ).
    Merck Healthcare KGaA.
    PI: Ana Vivancos.
    10/04/2019 – 31/12/2026.
  • Measuring NRG1 mRNA levels by means of Nanostring at Vall d’Hebron.
    MERUS, NV.
    PI: Ana Vivancos.
    30/04/2019 – 31/12/2020.
  • Biomarker testing NSG analysis.
    Puma Biotechnology, Inc.
    PI:  Ana Vivancos.
    01/01/2019 – 30/09/2020
  • CeLac and European consortium for a personalized medicine approach to Gastric Cancer-LEGACy.
    European Commission-LEGACy.
    PI: Ana Vivancos.
    01/01/2019-31/12/2022.
  • Moving liquid biopsy beyond current applications: study of prognostic and predictive values of circulating. Spanish Association against Cancer (AECC) PI: Ana Vivancos 2018 – 2021

COMPONENTS

  • Investigador Principal
    • Ana Vivancos
  • Becaris Postdoctorals
    • Alberto Gonzalez
    • Miriam Sansó
  • Tècnics Especialitzats
    • Ginevra Caratú
    • Deborah G. Lo Giacco
    • Agatha Martin
    • Judit Matito
    • Miriam Navarro
    • Zighereda Ogbah
    • Laia Ramos
  • Bioinformàtic
    • Francesco M. Mancuso
  • Aux. Tec. Bioinformàtic
    • Marina Gómez
    • Laura Muiños

 


Publicacions científiques més rellevants

  • Capdevila J, Mayor R, Mancuso FM, Iglesias C, Caratú G, Matos I, Zafón C, Hernando J, Petit A, Nuciforo P, Cameselle-Teijeiro JM, Álvarez CV, Recio JA, Tabernero J, Matias-Guiu X, Vivancos A, Seoane J. Early evolutionary divergence between papillary and anaplastic thyroid cancers. Ann Oncol. 2019 Nov 1;30(11):1843.
  • Vivancos A, Élez E, Salazar R. Circulating cell-free DNA as predictor of treatment failure after neoadjuvant chemoradiotherapy before surgery in patients with locally advanced rectal cancer: is it ready for primetime? Ann Oncol.29: 532-534.
  • Capdevila J,Mayor R; Mancuso FF, Iglesias C; Caratù G, Matos I, Zafón C, Hernando J, Petit A, Nuciforo P, Cameselle-Teijeiro JM, Álvarez C, Recio JA, Tabernero J, Matias-Guiu X, Vivancos A, Seoane J. Early evolutionary divergence between papillary and anaplastic thyroid cancers. Ann Oncol.29: 1454-1460.
  • Cedrés S, Felip E, Cruz C, Martinez de Castro A, Pardo N, Navarro A, Martinez-Marti A, Remon J, Zeron-Medina J, Balmaña J, Llop-Guevara A, Miquel JM, Sansano I, Nuciforo P,Mancuso F, Serra V, Vivancos A. Activity of HSP90 Inhibiton in a Metastatic Lung Cancer Patient With a Germline BRCA1 Mutation. J Natl Cancer Inst.110: 914-917.
  • Puig I, Tenbaum SP, Chicote I, Arqués O,Martínez-Quintanilla J, Cuesta-Borrás E, Ramírez L, Gonzalo P, Soto A, Aguilar S, Eguizabal C, Caratù G, Prat A, Argilés G, Landolfi S, Casanovas O, Serra V, Villanueva A, Arroyo AG, Terracciano L, Nuciforo P,Seoane J,Recio JA, Vivancos A,Dienstmann R,Tabernero J,Palmer HG.TET2 controls chemoresistant slow-cycling cancer cell survival and tumor recurrence. J Clin Invest.128: 3887-3905.
  • Cruz C, Castroviejo-Bermejo M, Gutiérrez-Enríquez S,Llop-Guevara A, Ibrahim YH, Gris-Oliver A, Bonache S, Morancho B, Bruna A, Rueda OM, Lai Z, Polanska UM, Jones GN; Kristel P, de Bustos L, Guzman M,Rodriguez O, Grueso J, Montalban G, Caratú G,Mancuso F, Fasani R, Jiménez J, Howat WJ, Dougherty B, Vivancos A, Nuciforo P, Serres-Créixams X, Rubio IT, Oaknin A, Cadogan E, Barrett JC, Caldas C, Baselga J, Saura C, Cortés J, Arribas J, Jonkers J, Díez O; O’Connor MJ, Balmaña J,Serra V. RAD51 foci as a functional biomarker of homologous recombination repair and PARP inhibitor resistance in germline BRCA-mutated breast cancer. Ann Oncol.29: 1203-1210. IF: 13,926
  • Martínez-Ricarte F, Mayor R, Martínez-Sáez E, Rubio-Pérez C, Pineda E, Cordero E, Cicuéndez M, Poca MA, Lopez-Bigas N, Ramón Y Cajal S, Vieito M, Carles J, Tabernero J,Vivancos A, Gallego S, Graus F, Sahuquillo J, Seoane J. Molecular Diagnosis of Diffuse Gliomas through Sequencing of Cell-Free Circulating Tumor DNA from Cerebrospinal Fluid.Clin Cancer Res.24: 2812-2819.

Totes les publicacions

  • Targeted multiplex proteomics for molecular prescreening and biomarker discovery in metastatic colorectal cancer. Serna G, Ruiz-Pace F, Cecchi F, Fasani R, Jimenez J, Thyparambil S, Landolfi S, Elez E, Vivancos A, Hembrough T, Tabernero J, Dienstmann R, Nuciforo P. Sci Rep. 2019 Sep 19;9(1):13568.
  • Early evolutionary divergence between papillary and anaplastic thyroid cancers. Capdevila J, Mayor R, Mancuso FM, Iglesias C, Caratú G, Matos I, Zafón C, Hernando J, Petit A, Nuciforo P, Cameselle-Teijeiro JM, Álvarez CV, Recio JA, Tabernero J, Matias-Guiu X, Vivancos A, Seoane J. Ann Oncol. 2019 Nov 1;30(11):1843.
  • Impact of circulating tumor DNA mutant allele fraction on prognosis in RAS-mutant metastatic colorectal cancer.Elez E, Chianese C, Sanz-García E, Martinelli E, Noguerido A, Mancuso FM, Caratù G, Matito J, Grasselli J, Cardone C, Esposito Abate R, Martini G, Santos C, Macarulla T, Argilés G, Capdevila J, Garcia A, Mulet N, Maiello E, Normanno N, Jones F, Tabernero J, Ciardello F, Salazar R, Vivancos A. Mol Oncol. 2019 Sep;13(9):1827-1835.
  • Comparison of the Clinical Sensitivity of the Idylla Platform and the OncoBEAM RAS CRC Assay for KRAS Mutation Detection in Liquid Biopsy Samples. Vivancos A, Aranda E, Benavides M, Élez E, Gómez-España MA, Toledano M, Alvarez M, Parrado MRC, García-Barberán V, Diaz-Rubio E. Sci Rep. 2019 Jun 20;9(1):8976.
  • Genomic heterogeneity and efficacy of PI3K pathway inhibitors in patients with gynaecological cancer. Rodriguez-Freixinos V, Ruiz-Pace F, Fariñas-Madrid L, Garrido-Castro AC, Villacampa G, Nuciforo P, Vivancos A, Dienstmann R, Oaknin A. ESMO Open. 2019 Mar 8;4(2):e000444.
  • Vivancos A, Élez E, Salazar R. Circulating cell-free DNA as predictor of treatment failure after neoadjuvant chemoradiotherapy before surgery in patients with locally advanced rectal cancer: is it ready for primetime? Ann Oncol.29: 532-534.
  • Capdevila J, Mayor R; Mancuso FF, Iglesias C; Caratù G, Matos I, Zafón C, Hernando J, Petit A, Nuciforo P, Cameselle-Teijeiro JM, Álvarez C, Recio JA, Tabernero J, Matias-Guiu X, Vivancos A, Seoane J. Early evolutionary divergence between papillary and anaplastic thyroid cancers. Ann Oncol.29: 1454-1460.
  • Cedrés S, Felip E, Cruz C, Martinez de Castro A, Pardo N, Navarro A, Martinez-Marti A, Remon J, Zeron-Medina J, Balmaña J, Llop-Guevara A, Miquel JM, Sansano I, Nuciforo P, Mancuso F, Serra V, Vivancos A. Activity of HSP90 Inhibiton in a Metastatic Lung Cancer Patient With a Germline BRCA1 Mutation. J Natl Cancer Inst. 110: 914-917.
  • Puig I, Tenbaum SP, Chicote I, Arqués O, Martínez-Quintanilla J, Cuesta-Borrás E, Ramírez L, Gonzalo P, Soto A, Aguilar S, Eguizabal C, Caratù G, Prat A, Argilés G, Landolfi S, Casanovas O, Serra V, Villanueva A, Arroyo AG, Terracciano L, Nuciforo P, Seoane J, Recio JA, Vivancos A, Dienstmann R, Tabernero J, Palmer HG. TET2 controls chemoresistant slow-cycling cancer cell survival and tumor recurrence. J Clin Invest. 128: 3887-3905.
  • Cruz C, Castroviejo-Bermejo M, Gutiérrez-Enríquez S, Llop-Guevara A, Ibrahim YH, Gris-Oliver A, Bonache S, Morancho B, Bruna A, Rueda OM, Lai Z, Polanska UM, Jones GN; Kristel P, de Bustos L, Guzman M, Rodriguez O, Grueso J, Montalban G, Caratú G, Mancuso F, Fasani R, Jiménez J, Howat WJ, Dougherty B, Vivancos A, Nuciforo P, Serres-Créixams X, Rubio IT, Oaknin A, Cadogan E, Barrett JC, Caldas C, Baselga J, Saura C, Cortés J, Arribas J, Jonkers J, Díez O; O’Connor MJ, Balmaña J, Serra V. RAD51 foci as a functional biomarker of homologous recombination repair and PARP inhibitor resistance in germline BRCA-mutated breast cancer. Ann Oncol. 29: 1203-1210.
  • Martínez-Ricarte F, Mayor R, Martínez-Sáez E, Rubio-Pérez C, Pineda E, Cordero E, Cicuéndez M, Poca MA, Lopez-Bigas N, Ramón Y Cajal S, Vieito M, Carles J, Tabernero J, Vivancos A, Gallego S, Graus F, Sahuquillo J, Seoane J. Molecular Diagnosis of Diffuse Gliomas through Sequencing of Cell-Free Circulating Tumor DNA from Cerebrospinal Fluid. Clin Cancer Res. 24: 2812-2819.
  • Martinez-Marti A, Felip E, Matito J, Mereu E, Navarro A, Cedrés S, Pardo N, Martinez de Castro A, Remon J, Miquel J M, Guillaumet-Adkins A, Nadal E, Rodriguez-Esteban G, Arqués O, Fasani R, Nuciforo P, Heyn H, Villanueva A, Palmer H G, Vivancos A. Dual MET and ERBB inhibition overcomes intratumor plasticity in osimertinib-resistant-advanced non-small-cell lung cancer (NSCLC). Ann Oncol. 2017 Oct 1;28(10):2451-2457.
  • García-Foncillas J, Alba E, Aranda E, Díaz-Rubio E, López-López R, Tabernero J, Vivancos A. Incorporating BEAMing technology as a liquid biopsy into clinical practice for the management of colorectal cancer patients: an expert taskforce review. Ann Oncol. 2017 Dec 1;28(12):2943-2949.
  • Dienstmann R, Elez E, Argiles G, Matos I, Sanz-Garcia E, Ortiz C, Macarulla T, Capdevila J, Alsina M, Sauri T, Verdaguer H, Vilaro M, Ruiz-Pace F, Viaplana C, Garcia A, Landolfi S, Palmer HG, Nuciforo P, Rodon J, Vivancos A, Tabernero J. Analysis of mutant allele fractions in driver genes in colorectal cancer – biological and clinical insights. Mol Oncol. 2017 Sep;11(9):1263-1272.
  • Grasselli J, Elez E, Caratù G, Matito J, Santos C, Macarulla T, Vidal J, Garcia M, Viéitez JM, Paéz D, Falcó E, Lopez Lopez C, Aranda E, Jones F, Sikri V, Nuciforo P, Fasani R, Tabernero J, Montagut C, Azuara D, Dienstmann R, Salazar R, Vivancos A. Concordance of blood- and tumor-based detection of RAS mutations to guide anti-EGFR therapy in metastatic colorectal cancer. Ann Oncol. 2017 Jun 1;28(6):1294-1301.
  • Pérez-Alea M, Vivancos A, Caratú G, Matito J, Ferrer B, Hernandez-Losa J, Cortés J, Muñoz E, Garcia-Patos V, Recio JA. Genetic profile of GNAQ-mutated blue melanocytic neoplasms reveals mutations in genes linked to genomic instability and the PI3K pathway. Oncotarget. 2016 May 10;7(19):28086-95. doi: 10.18632/oncotarget.8578.
  • Arqués O, Chicote I, Puig I, Tenbaum SP, Argilés G, Dienstmann R, Fernández N, Caratù G, Matito J, Silberschmidt D, Rodon J, Landolfi S, Prat A, Espín E, Charco R, Nuciforo P, Vivancos A, Shao W, Tabernero J, Palmer HG. Tankyrase Inhibition Blocks Wnt/β-Catenin Pathway and Reverts Resistance to PI3K and AKT Inhibitors in the Treatment of Colorectal Cancer. Clin Cancer Res. 2016 Feb 1;22(3):644-56. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-14-3081.
  • Ibarrola-Villava M, Fleitas T, Llorca-Cardeñosa MJ, Mongort C, Alonso E, Navarro S, Burgues O, Vivancos A, Cejalvo JM, Perez-Fidalgo JA, Roselló S, Ribas G, Cervantes A. Determination of somatic oncogenic mutations linked to target-based therapies using MassARRAY technology. Oncotarget. 2016 Apr 19;7(16):22543-55. doi: 10.18632/oncotarget.8002.
  • Alves-Rodrigues I, Ferreira PG, Moldón A, Vivancos AP, Hidalgo E, Guigó R, Ayté J. Spatiotemporal Control of Forkhead Binding to DNA Regulates the Meiotic Gene Expression Program. Cell Rep. 2016 Feb 2;14(4):885-95. doi: 10.1016/j.celrep.2015.12.074.
  • Vivancos A, Caratú G, Matito J, Muñoz E, Ferrer B, Hernández-Losa J, Bodet D, Pérez-Alea M, Cortés J, Garcia-Patos V, Recio JA. Genetic evolution of nevus of Ota reveals clonal heterogeneity acquiring BAP1 and TP53 mutations. Pigment Cell Melanoma Res. 2016 Mar;29(2):247-53. doi: 10.1111/pcmr.12452.
  • Yus E, Güell M, Vivancos AP, Chen WH, Lluch-Senar M, Delgado J, Gavin AC, Bork P, Serrano L. Transcription start site associated RNAs in bacteria. Mol. Syst. Biol. 2012; 8: 585
  • Esteve-Codina A, Kofler R, Himmelbauer H, Ferretti L, Vivancos AP, Groenen MA, Folch JM, Rodríguez MC, Pérez-Enciso M. Partial short-read sequencing of a highly inbred Iberian pig and genomics inference thereof. Heredity (Edinb) 2011 Sep; 107(3): 256-64
  • Zuin A, Carmona M, Morales-Ivorra I, Gabrielli N, Vivancos AP, Ayté J, Hidalgo E. Lifespan extension by calorie restriction relies on the Sty1 MAP kinase stress pathway. EMBO J. 2010 Mar; 29(5): 981-91
  • Vivancos AP, Castillo EA, Biteau B, Nicot C, Ayté J, Toledano MB, Hidalgo E. A cysteine-sulfinic acid in peroxiredoxin regulates H2O2-sensing by the antioxidant Pap1 pathway. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005 Jun; 102(25): 8875-80
  • Vivancos AP, Castillo EA, Jones N, Ayté J, Hidalgo E. Activation of the redox sensor Pap1 by hydrogen peroxide requires modulation of the intracellular oxidant concentration. Mol. Microbiol. 2004 Jun; 52(5): 1427-35
  • Castillo EA, Vivancos AP, Jones N, Ayté J, Hidalgo E. Schizosaccharomyces pombe cells lacking the Ran-binding protein Hba1 show a multidrug resistance phenotype due to constitutive nuclear accumulation of Pap1. J. Biol. Chem. 2003 Oct; 278(42): 40565-72