fbpx

El intercambio multicéntrico de datos y su análisis multidisciplinar mejora la clasificación clínica de las variantes genéticas que predisponen al cáncer

  • Así se desprende de los resultados de un estudio liderado por el Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge (IDIBELL) y el Instituto Catalán de Oncología (ICO), en el que ha participado el Vall d’Hebron Instituto de Oncología (VHIO) y que acaban de ser publicados en la revista Clinical Chemistry
  • El artículo detalla una guía para estandarizar y mejorar la clasificación de variantes en el gen ATM, que puede ayudar al diagnóstico precoz y al tratamiento personalizado del cáncer en los pacientes que son portadores

Barcelona, 16 de diciembre de 2020.– Compartir información entre laboratorios, así como optimizar los criterios de clasificación dentro de un entorno multidisciplinar para mejorar la clasificación clínica de las variantes genéticas, repercutirá en el manejo médico de los pacientes portadores y de sus familiares. Esta es la principal conclusión de un estudio cuyos resultados acaban de publicarse en la revista Clinical Chemistry, en el que ha participado el Grupo de Genética del Cáncer Hereditario, del que es responsable la Dra. Judith Balmaña, del Vall d’Hebron Instituto de Oncología (VHIO), y que han servido para la realización de una guía para estandarizar y mejorar la clasificación de variantes en el gen ATM, que aumenta el riesgo de cáncer de mama o de próstata.

“Hemos de tener en cuenta que cerca de un 10% de los pacientes con cáncer presentan una variante genética germinal en todas sus células que les predispone a desarrollar tumores de forma más temprana. De ahí la importancia de identificar a estos pacientes, ya que de esta forma podemos no solo ofrecerles una valoración personalizada de su riesgo de cáncer sino también establecer medidas de seguimiento, prevención y tratamiento que estén ajustadas a su condición genética, avanzando de esta forma en la medicina de precisión”, destaca Alejandro Moles-Fernández, estudiante de doctorado del Grupo de Genética del Cáncer Hereditario del VHIO, uno de los segundos autores del artículo en el que también han participado Dr. Orland Díez y la Dra. Sara Gutiérrez-Enríquez, investigadores seniors del mismo grupo. “La identificación de una variante patogénica germinal en un paciente no solo nos ayuda en un mejor manejo de su enfermedad, sino que además permite realizar estudios predictivos en sus familiares”, añade la Dra. Sara Gutiérrez-Enríquez.

El reto de las variantes de significado desconocido
El diagnóstico genético actualmente se realiza analizando paneles de genes mediante técnicas de secuenciación masiva. Esta aproximación conlleva un aumento en la tasa de detección de variantes patogénicas, pero también un aumento en el número de variantes de significado desconocido. La correcta interpretación clínica de los datos genómicos requiere conocer en detalle las características estructurales y funcionales de cada uno de los genes estudiados, así como las manifestaciones clínicas asociadas a la presencia de defectos genéticos en ellos.

Se ha descrito que variantes patogénicas en el gen ATM aumentan el riesgo de cáncer, particularmente de cáncer de mama, y por esta razón este gen está incluido en la mayoría de los paneles de cáncer hereditario. ATM es un gen grande, con un elevado número de variantes identificadas, y muchas de significado desconocido que representan un gran problema clínico.

Con la finalidad de mejorar la clasificación de variantes en el contexto del cáncer hereditario en nuestro entorno, se inició un esfuerzo colaborativo, liderado por el Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge (IDIBELL) y el Instituto Catalán de Oncología (ICO), en el que ha participado el VHIO, para estandarizar y mejorar la clasificación de variantes en el gen ATM.

Seis laboratorios independientes recogieron información de 766 individuos portadores de 283 variantes diferentes en el gen ATM. Tras recoger y organizar la información de las variantes se realizaron teleconferencias periódicas para la revisión de los criterios internacionales de clasificación de variantes genéticas, ajustándolos de forma específica para el gen ATM. Una vez consensuados, dichos criterios se utilizaron en una prueba piloto de 50 variantes representativas. Con la nueva clasificación se logró una reducción del número de variantes con significado desconocido del 58% al 42%.

Trabajo colaborativo
En la realización de este estudio han participado un total de seis laboratorios españoles en los que se han obtenido los datos genéticos utilizados:

  • Laboratorio Diagnóstico Molecular ICO-IDIBELL, L’ospitalet de Llobregat, Barcelona
  • Grupo de Genética del Cáncer Hereditario (VHIO)-Laboratorio de Genética Molecular-Hospital Vall d’Hebron, Barcelona
  • Fundación Pública Galega Medicina Xenómica (FPGMX), SERGAS e Instituto de Investigación Sanitaria (IDIS), Santiago de Compostela
  • Laboratorio de Oncología Molecular, Hospital Clínico San Carlos, Madrid
  • Laboratorio de Genética Humana, CNIO, Madrid
  • Laboratorio de Cáncer Hereditario, Hospital 12 de Octubre, Madrid

Además, se han incorporado también a este estudio expertos en predicción bionformática del grupo de Xavier de la Cruz, del Vall d’Hebron Instituto de Investigación (VHIR), así como expertos en el conocimiento de las bases genéticas, clínicas y moleculares del gen ATM, del grupo de Ignacio Molina, de la Universidad de Granada.

Este estudio ha contado con el soporte de varios proyectos de investigación del Instituto de Salud Carlos III, y varios de los investigadores participantes son miembros de CIBERONC y CIBERER.

Referencia:

Lidia Feliubadaló, Alejandro Moles-Fernández, Marta Santamariña-Pena, Alysson T Sánchez, Anael López-Novo, Luz-Marina Porras, Ana Blanco, Gabriel Capellá, Miguel de la Hoya, Ignacio J Molina, Ana Osorio, Marta Pineda, Daniel Rueda, Xavier de la Cruz, Orland Diez, Clara Ruiz-Ponte, Sara Gutiérrez-Enríquez, Ana Vega, Conxi Lázaro, “A Collaborative Effort to Define Classification Criteria for ATM Variants in Hereditary Cancer Patients”, Clinical Chemistry, 2020, https://doi.org/10.1093/clinchem/hvaa250

16/12/2020|