CFAH GRUPO DE GENÓMICA DEL CÁNCER – VHIO – Vall d'Hebron Institute of Oncology

TECNOLOGÍAS TRASVERSALES
Grupo de Genómica del Cáncer

ANA VIVANCOS
Investigator principal
Biosketch

 

En el Grupo de Genómica del Cáncer del VHIO, ofrecemos servicios como laboratorio core. Además, nos dedicamos a la investigación traslacional, así como al desarrollo de nuevas pruebas genómicas.

Aplicamos tecnologías de última generación a la genómica del cáncer, así como los nuevos tests plenamente validados que se emplean en el contexto de la investigación clínica (programa de Pre-screening). Nuestro laboratorio cuenta con una plataforma de análisis nCounter (Nanostring), dos plataformas PCR (BEAMing Sysmex y ddPCR, BIO-RAD) y dos secuenciadores NextGen: MiSeq y HiSeq2500, de Illumina.

El programa de Pre-screening del VHIO está estructurado en torno a la actividad de dos grupos de VHIO: el Grupo de Genómica del Cáncer y Oncología Molecular, liderado por Paolo Nuciforo en colaboración con la Dra. Elena Garralda del VHIO (IP de nuestro Grupo de Desarrollo Precoz de Fármacos Clínicos), y el Grupo de Oncología Computacional (ODysSey) liderado por el Dr. Rodrigo Dienstmann, sumado a la actividad de otros centros para la caracterización molecular de los tumores de más de 1500 posibles candidatos a ser incluidos en alguno de los ensayos clínicos liderados por la Unidad de Investigación de Terapia Molecular del Cáncer (UITM) – ”la Caixa”, dirigido por la Dra. Elena Garralda.

La idoneidad de los pacientes para su inclusión en un ensayo clínico se determina en función de su perfil genómico o patológico. Nuestro grupo ha desarrollado e implementado varios tests para nuestro programa de Pre-screening. Dos de estos tests están basados en la secuenciación genética de última generación (NGS, por sus siglas en inglés), una estrategia de secuenciación mediante PCR-multiplex en la que se secuencian 67 genes, así como un panel de captura de 450 genes (Illumina). Actualmente se está validando este panel.

En otras dos pruebas se emplea la plataforma nCounter  (Nanostring). El panel de fusión génica, con capacidad para detectar más de 100 fusiones génicas recurrentes, nos está permitiendo analizar patrones de expresión génica en los tumores. Las alteraciones en el número de copias se analizan empleando un panel de 59 genes que suelen presentar pérdidas o ganancias en el cáncer.

Como prueba de nuestro compromiso con la excelencia y la calidad de nuestros servicios, nuestro método de secuenciación de amplicones ha obtenido la acreditación flexible ISO 15189.

Nuestra actividad investigadora se centra en el desarrollo de nuevas herramientas multiplexadas que están optimizadas para analizar ácidos nucleicos incluidos en parafina y fijados con formalina. Una vez desarrolladas, estas son validadas y empleadas en investigación clínica y traslacional.

Participamos en multitud de proyectos de investigación traslacional, entre los que se incluye la identificación de mecanismos de resistencia a terapias dirigidas, así como de biomarcadores predictivos para la inmunoterapia. Nuestro grupo ha centrado sus esfuerzos principalmente en la biopsia líquida, el ADN tumoral circulante y las plaquetas educadas por el tumor.

OBJETIVOS ESTRATÉGICOS

  • Desarrollar e implementar estrategias mejoradas para la preselección de pacientes rutinaria con un gran panel panoncológico en un entorno de excelencia (acreditación flexible ISO 15189).
  • Suministrar aplicaciones de vanguardia en genómica del cáncer mediante el uso de tecnologías novedosas y el desarrollo de protocolos.
  • Priorizar proyectos y asociaciones traslacionales que refuercen la reconocida excelencia del VHIO en oncología.

ASPECTOS DESTACADOS

  • El VHIO es uno de los seis socios fundadores del Consorcio Cancer Core Europe (CCE), junto con el Gustave Roussy Cancer Campus Grand Paris (Villejuif, Francia), Cambridge Cancer Centre (Cambridge, Reino Unido), Karolinska Institute (Estocolmo, Suecia), Netherlands Cancer Institute – NKI (Ámsterdam, Países Bajos), National Center for Tumor Diseases – DKFZ-NCT (Heidelberg, Alemania), a los que se ha unido recientemente el Instituto Nacional de Tumores (INT) de Milán. Nuestro grupo ha sido nombrado colíder del Grupo de Trabajo de Genómica del Consorcio y es responsable de la coordinación de las pruebas genómicas entre todas las instituciones miembro.
  • Hemos validado nuestro panel de captura de 450 genes para utilizar la carga mutacional tumoral y las alteraciones del número de copias en nuestro programa de preselección.
  • En la biopsia líquida, estamos desarrollando un análisis de alteración del número de copias mediante el uso de secuenciación del genoma completo superficial para proporcionar datos, junto con nuestra prueba NGS personalizada con bioquímica de identificadores moleculares únicos (UMI), y prevemos que esta será nuestra primera prueba de seguimiento de enfermedades en el marco clínico.
  • Impulsado por nuestro Programa de Diagnóstico Molecular Avanzado (DIAMAV), que cuenta con el apoyo de la Fundación FERO, el VHIO es uno de los pocos centros europeos que lleva a cabo un programa de preselección tan completo. La realización de perfiles moleculares de cerca de 1100 pacientes al año como candidatos para su inscripción en los ensayos clínicos iniciales de nuestra Unidad de Investigación en Terapia Molecular del Cáncer (UITM)-«la Caixa», permite a nuestros equipos emparejar con mayor precisión un número cada vez mayor de pacientes individuales con un estudio concreto.

PROYECTOS

  • Avanzando hacia la implementación clínica: Estudio de las bases moleculares de la liberación de DNA tumoral en sangre. FIS-ISCIII.  (PI20/01112).
    PI: Ana Vivancos.
    01/01/2021 – 31/12/2023.
  • Validation of BRCA1/2 mutation detection in Tissue and Germline. AstraZéneca.
    PI: Ana Vivancos.
    02/05/2020 – 31/12/2020.
  • ctDNA in breast milk for early detection of pregnancy associated breast cancer. FERO.
    PI: Ana Vivancos.
    01/07/2020 – 30/06/2022.
  • Tumores primarios múltiples en pacientes con cáncer de pulmón: elaboración de un perfil molecular integral para elucidar orígenes genéticos comunes.
    Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer (AECC).
    PI: Ana Vivancos.
    01/12/2019 – 30/11/2023.
  • Phase II Study of Avelumab plus chemotherapy in the peri-operative treatment for patients with resectable Gastric cancer (GC) or Gastroesophageal Junction cancer (GECJ).
    Merck Healthcare KGaA.
    PI: Ana Vivancos.
    10/04/2019 – 31/12/2026.
  • Measuring NRG1 mRNA levels by means of Nanostring at Vall d’Hebron.
    MERUS, NV.
    PI: Ana Vivancos.
    30/04/2019 – 31/12/2020.
  • Biomarker testing NSG analysis.
    Puma Biotechnology, Inc.
    PI:  Ana Vivancos.
    01/01/2019 – 30/09/2020
  • CeLac and European consortium for a personalized medicine approach to Gastric Cancer-LEGACy.
    European Commission-LEGACy.
    PI: Ana Vivancos.
    01/01/2019-31/12/2022.
  • Moving liquid biopsy beyond current applications: study of prognostic and predictive values of circulating. Spanish Association against Cancer (AECC) PI: Ana Vivancos 2018 – 2021

EQUIPO

  • Investigador Principal
    • Ana Vivancos
  • Becarios Postdoctorales
    • Alberto Gonzalez
    • Miriam Sansó
  • Técnicos Especializados
    • Ginevra Caratú
    • Deborah G. Lo Giacco
    • Agatha Martin
    • Judit Matito
    • Miriam Navarro
    • Zighereda Ogbah
    • Laia Ramos
  • Bioinformático
    • Francesco M. Mancuso
  • Aux. Tec. Bioinformático
    • Marina Gómez
    • Laura Muiños

 


Publicaciones científicas más relevantes

  • Capdevila J, Mayor R, Mancuso FM, Iglesias C, Caratú G, Matos I, Zafón C, Hernando J, Petit A, Nuciforo P, Cameselle-Teijeiro JM, Álvarez CV, Recio JA, Tabernero J, Matias-Guiu X, Vivancos A, Seoane J. Early evolutionary divergence between papillary and anaplastic thyroid cancers. Ann Oncol. 2019 Nov 1;30(11):1843.
  • Vivancos A, Élez E, Salazar R. Circulating cell-free DNA as predictor of treatment failure after neoadjuvant chemoradiotherapy before surgery in patients with locally advanced rectal cancer: is it ready for primetime? Ann Oncol.29: 532-534.
  • Capdevila J,Mayor R; Mancuso FF, Iglesias C; Caratù G, Matos I, Zafón C, Hernando J, Petit A, Nuciforo P, Cameselle-Teijeiro JM, Álvarez C, Recio JA, Tabernero J, Matias-Guiu X, Vivancos A, Seoane J. Early evolutionary divergence between papillary and anaplastic thyroid cancers. Ann Oncol.29: 1454-1460.
  • Cedrés S, Felip E, Cruz C, Martinez de Castro A, Pardo N, Navarro A, Martinez-Marti A, Remon J, Zeron-Medina J, Balmaña J, Llop-Guevara A, Miquel JM, Sansano I, Nuciforo P,Mancuso F, Serra V, Vivancos A. Activity of HSP90 Inhibiton in a Metastatic Lung Cancer Patient With a Germline BRCA1 Mutation. J Natl Cancer Inst.110: 914-917.
  • Puig I, Tenbaum SP, Chicote I, Arqués O,Martínez-Quintanilla J, Cuesta-Borrás E, Ramírez L, Gonzalo P, Soto A, Aguilar S, Eguizabal C, Caratù G, Prat A, Argilés G, Landolfi S, Casanovas O, Serra V, Villanueva A, Arroyo AG, Terracciano L, Nuciforo P,Seoane J,Recio JA, Vivancos A,Dienstmann R,Tabernero J,Palmer HG.TET2 controls chemoresistant slow-cycling cancer cell survival and tumor recurrence. J Clin Invest.128: 3887-3905.
  • Cruz C, Castroviejo-Bermejo M, Gutiérrez-Enríquez S,Llop-Guevara A, Ibrahim YH, Gris-Oliver A, Bonache S, Morancho B, Bruna A, Rueda OM, Lai Z, Polanska UM, Jones GN; Kristel P, de Bustos L, Guzman M,Rodriguez O, Grueso J, Montalban G, Caratú G,Mancuso F, Fasani R, Jiménez J, Howat WJ, Dougherty B, Vivancos A, Nuciforo P, Serres-Créixams X, Rubio IT, Oaknin A, Cadogan E, Barrett JC, Caldas C, Baselga J, Saura C, Cortés J, Arribas J, Jonkers J, Díez O; O’Connor MJ, Balmaña J,Serra V. RAD51 foci as a functional biomarker of homologous recombination repair and PARP inhibitor resistance in germline BRCA-mutated breast cancer. Ann Oncol.29: 1203-1210. IF: 13,926
  • Martínez-Ricarte F, Mayor R, Martínez-Sáez E, Rubio-Pérez C, Pineda E, Cordero E, Cicuéndez M, Poca MA, Lopez-Bigas N, Ramón Y Cajal S, Vieito M, Carles J, Tabernero J,Vivancos A, Gallego S, Graus F, Sahuquillo J, Seoane J. Molecular Diagnosis of Diffuse Gliomas through Sequencing of Cell-Free Circulating Tumor DNA from Cerebrospinal Fluid.Clin Cancer Res.24: 2812-2819.

Todas las publicaciones

  • Targeted multiplex proteomics for molecular prescreening and biomarker discovery in metastatic colorectal cancer. Serna G, Ruiz-Pace F, Cecchi F, Fasani R, Jimenez J, Thyparambil S, Landolfi S, Elez E, Vivancos A, Hembrough T, Tabernero J, Dienstmann R, Nuciforo P. Sci Rep. 2019 Sep 19;9(1):13568.
  • Early evolutionary divergence between papillary and anaplastic thyroid cancers. Capdevila J, Mayor R, Mancuso FM, Iglesias C, Caratú G, Matos I, Zafón C, Hernando J, Petit A, Nuciforo P, Cameselle-Teijeiro JM, Álvarez CV, Recio JA, Tabernero J, Matias-Guiu X, Vivancos A, Seoane J. Ann Oncol. 2019 Nov 1;30(11):1843.
  • Impact of circulating tumor DNA mutant allele fraction on prognosis in RAS-mutant metastatic colorectal cancer.Elez E, Chianese C, Sanz-García E, Martinelli E, Noguerido A, Mancuso FM, Caratù G, Matito J, Grasselli J, Cardone C, Esposito Abate R, Martini G, Santos C, Macarulla T, Argilés G, Capdevila J, Garcia A, Mulet N, Maiello E, Normanno N, Jones F, Tabernero J, Ciardello F, Salazar R, Vivancos A. Mol Oncol. 2019 Sep;13(9):1827-1835.
  • Comparison of the Clinical Sensitivity of the Idylla Platform and the OncoBEAM RAS CRC Assay for KRAS Mutation Detection in Liquid Biopsy Samples. Vivancos A, Aranda E, Benavides M, Élez E, Gómez-España MA, Toledano M, Alvarez M, Parrado MRC, García-Barberán V, Diaz-Rubio E. Sci Rep. 2019 Jun 20;9(1):8976.
  • Genomic heterogeneity and efficacy of PI3K pathway inhibitors in patients with gynaecological cancer. Rodriguez-Freixinos V, Ruiz-Pace F, Fariñas-Madrid L, Garrido-Castro AC, Villacampa G, Nuciforo P, Vivancos A, Dienstmann R, Oaknin A. ESMO Open. 2019 Mar 8;4(2):e000444.
  • Vivancos A, Élez E, Salazar R. Circulating cell-free DNA as predictor of treatment failure after neoadjuvant chemoradiotherapy before surgery in patients with locally advanced rectal cancer: is it ready for primetime? Ann Oncol.29: 532-534.
  • Capdevila J, Mayor R; Mancuso FF, Iglesias C; Caratù G, Matos I, Zafón C, Hernando J, Petit A, Nuciforo P, Cameselle-Teijeiro JM, Álvarez C, Recio JA, Tabernero J, Matias-Guiu X, Vivancos A, Seoane J. Early evolutionary divergence between papillary and anaplastic thyroid cancers. Ann Oncol.29: 1454-1460.
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  • Puig I, Tenbaum SP, Chicote I, Arqués O, Martínez-Quintanilla J, Cuesta-Borrás E, Ramírez L, Gonzalo P, Soto A, Aguilar S, Eguizabal C, Caratù G, Prat A, Argilés G, Landolfi S, Casanovas O, Serra V, Villanueva A, Arroyo AG, Terracciano L, Nuciforo P, Seoane J, Recio JA, Vivancos A, Dienstmann R, Tabernero J, Palmer HG. TET2 controls chemoresistant slow-cycling cancer cell survival and tumor recurrence. J Clin Invest. 128: 3887-3905.
  • Cruz C, Castroviejo-Bermejo M, Gutiérrez-Enríquez S, Llop-Guevara A, Ibrahim YH, Gris-Oliver A, Bonache S, Morancho B, Bruna A, Rueda OM, Lai Z, Polanska UM, Jones GN; Kristel P, de Bustos L, Guzman M, Rodriguez O, Grueso J, Montalban G, Caratú G, Mancuso F, Fasani R, Jiménez J, Howat WJ, Dougherty B, Vivancos A, Nuciforo P, Serres-Créixams X, Rubio IT, Oaknin A, Cadogan E, Barrett JC, Caldas C, Baselga J, Saura C, Cortés J, Arribas J, Jonkers J, Díez O; O’Connor MJ, Balmaña J, Serra V. RAD51 foci as a functional biomarker of homologous recombination repair and PARP inhibitor resistance in germline BRCA-mutated breast cancer. Ann Oncol. 29: 1203-1210.
  • Martínez-Ricarte F, Mayor R, Martínez-Sáez E, Rubio-Pérez C, Pineda E, Cordero E, Cicuéndez M, Poca MA, Lopez-Bigas N, Ramón Y Cajal S, Vieito M, Carles J, Tabernero J, Vivancos A, Gallego S, Graus F, Sahuquillo J, Seoane J. Molecular Diagnosis of Diffuse Gliomas through Sequencing of Cell-Free Circulating Tumor DNA from Cerebrospinal Fluid. Clin Cancer Res. 24: 2812-2819.
  • Martinez-Marti A, Felip E, Matito J, Mereu E, Navarro A, Cedrés S, Pardo N, Martinez de Castro A, Remon J, Miquel J M, Guillaumet-Adkins A, Nadal E, Rodriguez-Esteban G, Arqués O, Fasani R, Nuciforo P, Heyn H, Villanueva A, Palmer H G, Vivancos A. Dual MET and ERBB inhibition overcomes intratumor plasticity in osimertinib-resistant-advanced non-small-cell lung cancer (NSCLC). Ann Oncol. 2017 Oct 1;28(10):2451-2457.
  • García-Foncillas J, Alba E, Aranda E, Díaz-Rubio E, López-López R, Tabernero J, Vivancos A. Incorporating BEAMing technology as a liquid biopsy into clinical practice for the management of colorectal cancer patients: an expert taskforce review. Ann Oncol. 2017 Dec 1;28(12):2943-2949.
  • Dienstmann R, Elez E, Argiles G, Matos I, Sanz-Garcia E, Ortiz C, Macarulla T, Capdevila J, Alsina M, Sauri T, Verdaguer H, Vilaro M, Ruiz-Pace F, Viaplana C, Garcia A, Landolfi S, Palmer HG, Nuciforo P, Rodon J, Vivancos A, Tabernero J. Analysis of mutant allele fractions in driver genes in colorectal cancer – biological and clinical insights. Mol Oncol. 2017 Sep;11(9):1263-1272.
  • Grasselli J, Elez E, Caratù G, Matito J, Santos C, Macarulla T, Vidal J, Garcia M, Viéitez JM, Paéz D, Falcó E, Lopez Lopez C, Aranda E, Jones F, Sikri V, Nuciforo P, Fasani R, Tabernero J, Montagut C, Azuara D, Dienstmann R, Salazar R, Vivancos A. Concordance of blood- and tumor-based detection of RAS mutations to guide anti-EGFR therapy in metastatic colorectal cancer. Ann Oncol. 2017 Jun 1;28(6):1294-1301.
  • Pérez-Alea M, Vivancos A, Caratú G, Matito J, Ferrer B, Hernandez-Losa J, Cortés J, Muñoz E, Garcia-Patos V, Recio JA. Genetic profile of GNAQ-mutated blue melanocytic neoplasms reveals mutations in genes linked to genomic instability and the PI3K pathway. Oncotarget. 2016 May 10;7(19):28086-95. doi: 10.18632/oncotarget.8578.
  • Arqués O, Chicote I, Puig I, Tenbaum SP, Argilés G, Dienstmann R, Fernández N, Caratù G, Matito J, Silberschmidt D, Rodon J, Landolfi S, Prat A, Espín E, Charco R, Nuciforo P, Vivancos A, Shao W, Tabernero J, Palmer HG. Tankyrase Inhibition Blocks Wnt/β-Catenin Pathway and Reverts Resistance to PI3K and AKT Inhibitors in the Treatment of Colorectal Cancer. Clin Cancer Res. 2016 Feb 1;22(3):644-56. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-14-3081.
  • Ibarrola-Villava M, Fleitas T, Llorca-Cardeñosa MJ, Mongort C, Alonso E, Navarro S, Burgues O, Vivancos A, Cejalvo JM, Perez-Fidalgo JA, Roselló S, Ribas G, Cervantes A. Determination of somatic oncogenic mutations linked to target-based therapies using MassARRAY technology. Oncotarget. 2016 Apr 19;7(16):22543-55. doi: 10.18632/oncotarget.8002.
  • Alves-Rodrigues I, Ferreira PG, Moldón A, Vivancos AP, Hidalgo E, Guigó R, Ayté J. Spatiotemporal Control of Forkhead Binding to DNA Regulates the Meiotic Gene Expression Program. Cell Rep. 2016 Feb 2;14(4):885-95. doi: 10.1016/j.celrep.2015.12.074.
  • Vivancos A, Caratú G, Matito J, Muñoz E, Ferrer B, Hernández-Losa J, Bodet D, Pérez-Alea M, Cortés J, Garcia-Patos V, Recio JA. Genetic evolution of nevus of Ota reveals clonal heterogeneity acquiring BAP1 and TP53 mutations. Pigment Cell Melanoma Res. 2016 Mar;29(2):247-53. doi: 10.1111/pcmr.12452.
  • Yus E, Güell M, Vivancos AP, Chen WH, Lluch-Senar M, Delgado J, Gavin AC, Bork P, Serrano L. Transcription start site associated RNAs in bacteria. Mol. Syst. Biol. 2012; 8: 585
  • Esteve-Codina A, Kofler R, Himmelbauer H, Ferretti L, Vivancos AP, Groenen MA, Folch JM, Rodríguez MC, Pérez-Enciso M. Partial short-read sequencing of a highly inbred Iberian pig and genomics inference thereof. Heredity (Edinb) 2011 Sep; 107(3): 256-64
  • Zuin A, Carmona M, Morales-Ivorra I, Gabrielli N, Vivancos AP, Ayté J, Hidalgo E. Lifespan extension by calorie restriction relies on the Sty1 MAP kinase stress pathway. EMBO J. 2010 Mar; 29(5): 981-91
  • Vivancos AP, Castillo EA, Biteau B, Nicot C, Ayté J, Toledano MB, Hidalgo E. A cysteine-sulfinic acid in peroxiredoxin regulates H2O2-sensing by the antioxidant Pap1 pathway. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005 Jun; 102(25): 8875-80
  • Vivancos AP, Castillo EA, Jones N, Ayté J, Hidalgo E. Activation of the redox sensor Pap1 by hydrogen peroxide requires modulation of the intracellular oxidant concentration. Mol. Microbiol. 2004 Jun; 52(5): 1427-35
  • Castillo EA, Vivancos AP, Jones N, Ayté J, Hidalgo E. Schizosaccharomyces pombe cells lacking the Ran-binding protein Hba1 show a multidrug resistance phenotype due to constitutive nuclear accumulation of Pap1. J. Biol. Chem. 2003 Oct; 278(42): 40565-72