Introducción a los datos sobre el cáncer
El Grupo de Biología Computacional del Cáncer aprovecha los conjuntos de datos epi(genéticos) sobre el cáncer para descubrir los mecanismos moleculares que intervienen en el inicio, la progresión, la resistencia a los fármacos y la metástasis del cáncer con el fin de mejorar las perspectivas de los pacientes.
Nuestro objetivo es avanzar en la comprensión del papel de los elementos reguladores de la cromatina en la respuesta al tratamiento y la metástasis, desarrollar nuevas opciones terapéuticas basadas en la letalidad sintética epigenética, mejorar la estratificación de los pacientes guiada por el análisis multiómico y buscar nuevos biomarcadores epigenéticos de la respuesta al tratamiento.
A través del trabajo del grupo, hemos demostrado cómo los genes que modifican la estructura de la cromatina están asociados a la resistencia a la quimioterapia en el cáncer de mama (Nature Medicine, 2019). Nuestro objetivo es entender cómo estas modificaciones epigenéticas afectan a la resistencia a los fármacos y cómo se pueden utilizar los fármacos epigenéticos para abordar los genes supresores de tumores.
También estamos interesados en cómo la integración de conjuntos de datos multiómicos basada en el aprendizaje automático puede ayudar a descubrir nuevos subgrupos y biomarcadores de cáncer, así como a predecir el resultado y la respuesta a los fármacos.
Hemos participado en múltiples consorcios internacionales, como el Atlas del Genoma del Cáncer, la Red del Atlas de Tumores Humanos, el Cancer Target Discovery and Development y, más recientemente, AURORA (cohorte multiómica de cáncer de mama metastásico
- Comprender el papel de los elementos reguladores de la cromatina en la respuesta al tratamiento y la metástasis.
- Descubrir nuevos biomarcadores epigenéticos de respuesta a fármacos.
- Potenciar las opciones terapéuticas combinando terapias epigenéticas con otros agentes.
- Descubrir las posibles causas ambientales del cáncer de aparición temprana.
Jefe de Grupo
José Antonio Seoane
Becarios posdoctorales
Silvana Maas
Bioinformático
Arnau Llinàs
Estudiantes graduados
Mª José Fariña
Estudiantes de máster
María Butjosa
Publicaciones más destacadas de 2022:
- Strand SH, Rivero-Gutiérrez B, Houlahan KE, Seoane JA, King LM, Risom T, Simpson LA, Vennam S, Khan A, Cisneros L, Hardman T, Harmon B, Couch F, Gallagher K, Kilgore M, Wei S, DeMichele A, King T, McAuliffe PF, Nangia J, Lee J, Tseng J, Storniolo AM, Thompson AM, Gupta GP, Burns R, Veis DJ, DeSchryver K, Zhu C, Matusiak M, Wang J, Zhu SX, Tappenden J, Ding DY, Zhang D, Luo J, Jiang S, Varma S, Anderson L, Straub C, Srivastava S, Curtis C, Tibshirani R, Angelo RM, Hall A, Owzar K, Polyak K, Maley C, Marks JR, Colditz GA, Hwang ES, West RB. Molecular classification and biomarkers of clinical outcome in breast ductal carcinoma in situ: Analysis of TBCRC 038 and RAHBT cohorts. Cancer Cell. 2022 Dec 12;40(12):1521-1536.e7.
- Nobre AR, Dalla E, Yang J, Huang X, Wullkopf L, Risson E, Razghandi P, Anton ML, Zheng W, Seoane JA, Curtis C, Kenigsberg E, Wang J, Aguirre-Ghiso JA. ZFP281 drives a mesenchymal-like dormancy program in early disseminated breast cancer cells that prevents metastatic outgrowth in the lung. Nat Cancer. 2022 Oct;3(10):1165-1180.
- Raj N, Wang M, Seoane JA, Zhao RL, Kaiser AM, Moonie NA, Demeter J, Boutelle AM, Kerr CH, Mulligan AS, Moffatt C, Zeng SX, Lu H, Barna M, Curtis C, Chang HY, Jackson PK, Attardi LD. The Mettl3 epitranscriptomic writer amplifies p53 stress responses. Mol Cell. 2022 Jul 7;82(13):2370-2384.e10.
- Liñares-Blanco J, Fernandez-Lozano C, Seoane JA, López-Campos G. Machine Learning Based Microbiome Signature to Predict Inflammatory Bowel Disease Subtypes. Front Microbiol. 2022 May 17;13:872671
Todas las publicaciones
- Strand SH, Rivero-Gutiérrez B, Houlahan KE, Seoane JA, King LM, Risom T, Simpson LA, Vennam S, Khan A, Cisneros L, Hardman T, Harmon B, Couch F, Gallagher K, Kilgore M, Wei S, DeMichele A, King T, McAuliffe PF, Nangia J, Lee J, Tseng J, Storniolo AM, Thompson AM, Gupta GP, Burns R, Veis DJ, DeSchryver K, Zhu C, Matusiak M, Wang J, Zhu SX, Tappenden J, Ding DY, Zhang D, Luo J, Jiang S, Varma S, Anderson L, Straub C, Srivastava S, Curtis C, Tibshirani R, Angelo RM, Hall A, Owzar K, Polyak K, Maley C, Marks JR, Colditz GA, Hwang ES, West RB. Molecular classification and biomarkers of clinical outcome in breast ductal carcinoma in situ: Analysis of TBCRC 038 and RAHBT cohorts. Cancer Cell . 2022 Dec 12;40(12):1521-1536.e7.
- Nobre AR, Dalla E, Yang J, Huang X, Wullkopf L, Risson E, Razghandi P, Anton ML, Zheng W, Seoane JA, Curtis C, Kenigsberg E, Wang J, Aguirre-Ghiso JA. ZFP281 drives a mesenchymal-like dormancy program in early disseminated breast cancer cells that prevents metastatic outgrowth in the lung. Nat Cancer . 2022 Oct;3(10):1165-1180.
- Raj N, Wang M, Seoane JA, Zhao RL, Kaiser AM, Moonie NA, Demeter J, Boutelle AM, Kerr CH, Mulligan AS, Moffatt C, Zeng SX, Lu H, Barna M, Curtis C, Chang HY, Jackson PK, Attardi LD. The Mettl3 epitranscriptomic writer amplifies p53 stress responses. Mol Cell . 2022 Jul 7;82(13):2370-2384.e10.
- Liñares-Blanco J, Fernandez-Lozano C, Seoane JA, López-Campos G. Machine Learning Based Microbiome Signature to Predict Inflammatory Bowel Disease Subtypes. Front Microbiol . 2022 May 17;13:872671..
- DCIS genomic signatures define biology and correlate with clinical outcome: a Human Tumor Atlas Network (HTAN) analysis of TBCRC 038 and RAHBT cohorts
Siri H Strand, Belén Rivero-Gutiérrez, Kathleen E Houlahan, Jose A Seoane, Lorraine King, …,Christina Curtis, Rob Tibshirani, Robert Michael Angelo, Allison Hall, Kouros Owzar, Kornelia Polyak, Carlo Maley, Jeffrey R Marks, Graham A Colditz, E Shelley Hwang, Robert B West
bioRxiv, Jun 2021
10.1101/2021.06.16.448585 - CRISPR screens in cancer spheroids identify 3D growth-specific vulnerabilities
Kyuho Han, Sarah E Pierce, Amy Li, Kaitlyn Spees, Grace R Anderson, Jose A Seoane, Yuan-Hung Lo, Michael Dubreuil, Micah Olivas, Roarke A Kamber, Michael Wainberg, Kaja Kostyrko, Marcus R Kelly, Maryam Yousefi, Scott W Simpkins, David Yao, Keonil Lee, Calvin J Kuo, Peter K Jackson, Alejandro Sweet-Cordero, Anshul Kundaje, Andrew J Gentles, Christina Curtis, Monte M Winslow, Michael C Bassik
Nature, 580(7801):136-141, April. 2020 - Convergent mutations in tissue-specific regulatory regions reveal novel cancer drivers
Nasa Sinnott-Armstrong, Jose A Seoane, Jonathan K Pritchard, Christina Curtis, Michael P Snyder
BioRxiv, Nov. 2020 - Chromatin regulators mediate anthracycline sensitivity in breast cancer
Jose A Seoane, Jacob G Kirkland, Jennifer L Caswell-Jin, Gerald R Crabtree, Christina Curtis
Nature medicine, 25(11):1721-1727, Nov. 2019 - Dynamics of breast-cancer relapse reveal late-recurring ER-positive genomic subgroups
Oscar M Rueda, Stephen-John Sammut, Jose A Seoane, Suet-Feung Chin, Jennifer L Caswell-Jin, Maurizio Callari, Rajbir Batra, Bernard Pereira, Alejandra Bruna, H Raza Ali, Elena Provenzano, Bin Liu, Michelle Parisien, Cheryl Gillett, Steven McKinney, Andrew R Green, Leigh Murphy, Arnie Purushotham, Ian O Ellis, Paul D Pharoah, Cristina Rueda, Samuel Aparicio, Carlos Caldas, Christina Curtis
Nature, 567(7748):399-404, Mar. 2019 - Assessment of ERBB2/HER2 status in HER2-equivocal breast cancers by FISH and 2013/2014 ASCO-CAP guidelines
Michael F Press, Jose A Seoane, Christina Curtis, Emmanuel Quinaux, Roberta Guzman, Guido Sauter, Wolfgang Eiermann, John R Mackey, Nicholas Robert, Tadeusz Pienkowski, John Crown, Miguel Martin, Vicente Valero, Valerie Bee, Yanling Ma, Ivonne Villalobos, Dennis J Slamon
JAMA oncology, 5(3):366-375, Mar. 2019 - The chromatin accessibility landscape of primary human cancers
M Ryan Corces, Jeffrey M Granja, Shadi Shams, Bryan H Louie, Jose A Seoane, Wanding Zhou, Tiago C Silva, Clarice Groeneveld, Christopher K Wong, Seung Woo Cho, Ansuman T Satpathy, Maxwell R Mumbach, Katherine A Hoadley, A Gordon Robertson, Nathan C Sheffield, Ina Felau, Mauro AA Castro, Benjamin P Berman, Louis M Staudt, Jean C Zenklusen, Peter W Laird, Christina Curtis, William J Greenleaf, Howard Y Chang
Science, 362(6413), Oct. 2018 - Canonical correlation analysis for gene-based pleiotropy discovery
Jose A Seoane, Colin Campbell, Ian NM Day, Juan P Casas, Tom R Gaunt
PLoS Computational Biology, 10(10), Oct. 2014 - A pathway-based data integration framework for prediction of disease progression
Jose A Seoane, Ian NM Day, Tom R Gaunt, Colin Campbell
Bioinformatics, 30(6):838-845, Mar. 2014
- Abordar la letalidad sintética en los genes reguladores de la cromatina para el tratamiento del cáncer gastrointestinal. Ref. PID2020-115097RA-I00. Agencia Estatal de Investigación. 9/2021-8/2025. Investigador principal: José A. Seoane
- Beca Ramón y Cajal. Agencia Estatal de Investigación. 2021 -2025.
- Epigenetic differences associated with hormone treatment resistant breast cancer heterogeneity Fundación FERO. 2022-2024
- Identificación in Silico de Respuesta a fármacos especifica de metastasis
Entidad Financiadora: MCIN/AEI/10.13039/501100011033Ref: CNS2022-135424Periodo de Ejecución: 01/09/2023 – 31/08/2025. PI: Jose Antonio Seoane
Grant funded by the European Union NextGenerationEU/Plan de Recuperación, Transformación y Resilencia (PRTR)
- José A. Seoane fue galardonado con una Beca de Cáncer de Mama de la Fundación FERO-GHD.
- José Liñares leyó su tesis doctoral y se graduó con distinción. Actualmente es postdoctorado en el laboratorio de Julio Saez-Rodriguez, el Instituto de Biomedicina Computacional, Heidelberg, Alemania.
- Como parte de una colaboración con Human Tumor Atlas Network, desarrollamos un clasificador genómico para identificar el riesgo de recaída en el carcinoma ductal in situ.
- Participamos en un estudio que identifica a METTL3 como un regulador upstream de TP53.
Este grupo está financiado por CaixaResearch
Noticias Relacionadas
